Le service d’aumônerie du CMR Saint-Jean offre un service d’écoute, d’accompagnement et de soutien spirituel aux membres de la communauté. La personne responsable du service d’aumônerie assure une présence active aux différentes activités sur le campus afin de veiller au bien être moral, spirituel et religieux des élèves-officiers et aspirants de marine, ainsi que du personnel civil et militaire et leurs familles.